Il monte Muliano, ove ora sorge Muggia Vecchia, è già luogo abitato in epoca preistorica.
I romani giungono in questa zona nel 177 a.C. durante la conquista dell’Istria e lo trasformarono in un Castrum, appunto il “Castrum Mugiae”, zona militare ma anche insediamento abitativo circondato da mura.
Lo schema urbanistico romano è sempre lo stesso, ed è costituito da cardo e decumano, mentre le mura sono munite di torrette. Anche questo Castrum viene collegato da strade che aprono a Roma nuove vie di comunicazione.
Dopo i Romani, a Muggia giungono i Goti (489-539), poi i Bizantini (539-588), successivamente i Longobardi (588-767) e ancora i Bizantini (767-789) che tendono a mantenere la loro egemonia sulle coste. Ai Bizzantini succedono i Franchi, che con Carlo Magno, conquistano anche tutti i territori occupati in precedenza dai Longobardi. È sotto i Franchi che Muggia passa ai Duchi del Friuli, rinforza le sue fortificazioni ma deve difendersi sia dalle invasioni Slave sia dagli attacchi dei Genovesi.
La cittadina viene nominata, nel 931, nel diploma di Lotario con il quale il Castello di Muggia viene donato al Patriarca d’Aquileia.
Sembra che in quest’epoca alcuni abitanti del primo nucleo abitativo, Monticula, incomincino a spostarsi verso la riva del mare per dedicarsi alla pesca e alle saline, creando un nuovo abitato, Borgolauro. Nel 1256 la conflittualità tra Monticula, fedele al Patriarca, e Borgolauro, desiderosa di autonomia municipale, cresce fino a portare ad una divisione netta dei borghi con la fondazione del Comune di Borgolauro.
Nel 1256 viene edificato il Palazzo Comunale e successivamente la prima chiesa. Nel 1354 Borgolauro cresce, si circonda di mura difensive, si suddivide in quattro contrade, che prendono il nome dalle porte: Portiza, Portamaggiore, San Francesco e Porto.
A metà del XIV secolo il Comune viene completamente distrutto dalla flotta genovese ma per fortuna si salva la basilica. Nel 1378 viene ultimato il castello e in seguito costruite le chiese di San Francesco e Santa Lucia.
Nel 1451 Muggia diventa veneziana, fortifica il porto, ma si trova ostacolata da Trieste, più forte nelle attività portuali grazie all’appoggio dell’Austria.
Durante la dominazione francese (1809-1813) Muggia viene assegnata al Regno d’Italia, poi passa all’Austria (nel 1829) ma la sua economia va in crisi per la chiusura delle saline. Dal 1847 una breve ripresa si ha grazie ad una fonderia e all’attività cantieristica.
Verso la fine dell’800 prevale l’attività dei cantieri di Trieste a discapito di quelli Muiesani.
Dopo la Prima Guerra Mondiale, Trieste il suo territorio e l’Istria vengono annesse al Regno d’Italia. Dopo la seconda Guerra Mondiale, nel 1963, Muggia diventa parte della regione Friuli Venezia Giulia che comprende la provincia di Gorizia, Udine ed i comuni di Trieste, Duino-Aurisina, Monrupino, Muggia, San Dorligo della Valle e Sgonico.
Nel 1975 a Osimo (Ancona) i ministri degli esteri italiano e jugoslavo ufficializzano la frontiera tra Italia e Jugoslavia. Nel 1991 dalla disgregazione della Jugoslavia sorge ufficialmente la Repubblica della Slovenia ai confini con l’Italia
